河源市博物馆前身是1982年12月21日成立的河源县博物馆，1988年2月河源市撤县建市时，河源县博物馆改为河源市源城区博物馆，1993年5月正式改名为河源市博物馆，于1994年正式对外开放。

2008年8月8日，加挂在河源市博物馆下的河源恐龙博物馆奠基，并于2010年11月26日正式对外开放，2013年与中科院古脊椎动物与古人类研究所合作共建、挂牌“中国古动物馆恐龙蛋馆”；2022年挂牌成立华南首家恐龙科研机构——河源恐龙研究所。

河源市博物馆新馆于2013年12月31日奠基，2016年12月28日建成并正式对外开放。

龟峰公园于2011年9月1日起正式交付河源市博物馆管理和维护。

全国重点文物保护单位——龟峰塔始建于南宋绍兴二年（1132年），明万历三十年（1602年）和1989年重修，塔下有附属文物龟峰古寺。

2020年8月21日，包含“两馆一塔一公园”的河源市恐龙文博园被评为国家4A级旅游景区。

 历任馆长：

曾坤： 1982.12-1988.2  河源县博物馆馆长

           1988.3-1991.7  河源市源城区博物馆馆长

 黄东：1991.8-1993.4  河源市源城区博物馆馆长

           1993.5-2013.11  河源市博物馆馆长

 杜衍礼：2014.1-至今  河源市博物馆馆长

2010年12月前对外开放的河源市博物馆

2010年11月26日起对外开放的河源市博物馆及恐龙博物馆

2016年12月28日对外开放的河源市博物馆

河源恐龙文博园全景图